Najdłużej (od 1999 r.) realizowane przez nas działania ochronne, które koncertują się na ochronie zagrożonych gniazd oraz gromadzeniu danych naukowych. Działania prowadzimy na Nizinie Mazowieckiej.
Działania czynnej ochrony lęgów błotniaka łąkowego zostały zapoczątkowane w 2005 roku. Fundamentem projektu jest współpraca ornitologów z rolnikami.
Głównym celem naszych działań prowadzonych od 2013 roku jest zwiększenie sukcesu lęgowego i produkcji młodych w najważniejszych ostojach kulika wielkiego.
Zasadniczym celem naszych działań jest tworzenie bezpiecznych warunków rozrodu dla płomykówki. Nasze działania polegają na wieszaniu skrzynek lęgowych specjalnej konstrukcji, w których sowy mogą bezpiecznie wyprowadzać lęgi.
Towarzystwo Przyrodnicze „Bocian” w roku 2003 włączyło się do ogólnopolskiego projektu ochrony pustułki, koordynowanego wówczas przez Polskie Towarzystwo Ochrony Przyrody „Salamandra”.
Głównym celem działań jest zahamowanie spadku liczebności jerzyków w Warszawie i pobliskich miejscowościach na skutek masowej termomodernizacji budynków.
Trudno wyobrazić sobie skuteczną i długofalową ochronę przyrody bez jej społecznej aprobaty, a także bez zmiany osobistych postaw i stosunku do przyrody, dlatego edukacja przyrodnicza jest ważnym elementem działań Towarzystwa.
W trosce o zachowanie szpalerów wierzb głowiastych, Towarzystwo we współpracy z zaprzyjaźnionymi organizacjami corocznie od 2007 organizuje „Dni wierzby głowiastej”, czyli odbywające się zimą terenowe akcje ogławiania wierzb.
Ze względu na wysokie wartości przyrodnicze stawów, w roku 2010 Towarzystwo wydzierżawiło od Nadleśnictwa Chojnów 36,34 ha stawów i nieużytków w celu objęcia terenu ochroną i utworzenia społecznej „Ostoi Przyrody”.
W roku 2008 Towarzystwo sprowadziło nad Bug stado owiec starej, polskiej rasy świniarka. Owce są wypasane na terenie rezerwatu przyrody "Kózki", a ich zadaniem jest zapobieganie zarastaniu muraw napiaskowych. Owce pełnią role "żywych kosiarek".